Möglicherweise war im 9.Jh. eine Schiffsanlegestelle südl. der Hammaburg im Reichenstraßenfleet die Keimzelle des Hamburger Hafens. Als Ausgangspunkt für die 1188 beginnende Entwicklung des Hamburger Hafens gilt heute jedoch der 1016 als Nikolaifleet bezeichnete Alsterunterlauf unterhalb der Trostbrücke.
Ende des 13.Jh. entstand an der Hauptanlegestelle unter Anderem das "Alte Rathaus" und zwischen 1577-1583 die hölzerne Börse.
Nach und nach dehnte sich die Bebauung, und damit das Zentrum des
mittelalterlichen Hamburgs, am Nikolaifleet über Grimm,
Cremon und der gegenüberliegenden Deichstraße
aus. Anfangs entstanden rund um das Fleet nur
Binnendeichhäuser. Ab dem 15.Jh entstanden auch Außendeichhäuser, von denen das
Ensemble der Speicherhäuser Cremon und der
Deichstraße dem heutigen Nikolaifleet sein
althamburgisches Flair verdankt.
Das historische Stadtzentrum um das Nikolaifleet wurde beim Großen Brand von
1842 weitgehend zerstört.
In der weiteren Entwicklung des alten Hafens verhinderten die Fleet überspannenden Brücken, dass die zunehmende Anzahl größerer Schiffe in den Hafen einlaufen konnte. Außerdem war das Nikolaifleet stark Tide abhängig. Mal lagen die Boote trocken und andere Male verhinderte eine hohe Flut die Unterquerung der Brücken. Ende des 18.Jh. konnte das Nikolaifleet den steigenden Platzbedarf für den stetig wachsenden Hafen nicht mehr decken und es entstand der Nieder- und Oberhafen. Dort konnten die großen Schiffe an Dalben festmachen und ihre Ladung an die Ewer und Schuten übergeben, die dann die Waren über die Fleete abtransportieren konnten.